גליא רזא : הוצאה ביקורתית של כתב-יד אוקספורד 104 על-פי כתבי יד עם
מבוא, חילופי נוסחאות ומראי מקומות (ירושלים : האוניברסיטה העברית
בירושלים, תשמ"א) <מהדורה שניה יצאה לאור בהוצאת יריד
הספרים, תש"ס 2000>
תורת האלוהות בדור השני של חסידות חב"ד (ירושלים : הוצאת ספרים ע"ש י"ל
מאגנס, תשמ"ב)
היכלות זוטרתי : כתב יד ניו יורק 8128 (828) : מהדורה מדעית (ירושלים :
הוצאת ספרים ע"ש י"ל מאגנס, תשמ"ב 1982)
תורת אחדות ההפכים : התיאוסופיה המיסטית של חב"ד (ירושלים : מוסד
ביאליק, תשנ"ג) <תורגם לאנגלית>
The paradoxical
ascent to God: the kabbalistic theosophy of Habad / translated from Hebrew by Jeffrey M. Green (Albany:
State University of New York Press, 1993)
לוח השנה העברי (ירושלים : חוג בית הנשיא לתנ"ך ולמקורות ישראל, תשנ"ו 1995)
<בשיתוף אוריאל סימון>
חירות על הלוחות : המחשבה החסידית, מקורותיה המיסטיים ויסודותיה הקבליים (תל אביב :
משרד הביטחון, ההוצאה לאור : האוניברסיטה המשודרת, תש"ס 1999)
מקדש ומרכבה, כוהנים ומלאכים, היכל והיכלות במיסטיקה היהודית הקדומה
(ירושלים : הוצאת ספרים ע״ש י״ל מאגנס, תשס״ג 2002) <תורגם
לאנגלית> <מהדורה שניה ומתוקנת יצאה לאור בתשס"ז, 2007>
The three temples : on the emergence of Jewish mysticism / translated by David Louvish ( Oxford : Littman Library of Jewish Civilization, 2004)
ספרות ההיכלות ומסורת המרכבה : תורת הסוד הקדומה ומקורותיה (תל אביב : ידיעות אחרונות : ספרי חמד, 2004)
מקדש ומרכבה, כוהנים ומלאכים, היכל והיכלות במיסטיקה היהודית הקדומה (ירושלים : הוצאת ספרים ע"ש י"ל מאגנס, תשס"ז 2007>
<מהדורה שניה, מתוקנת>
זיכרון ונשייה : סודן של מגילות מדבר יהודה (ירושלים : מכון ון ליר בירושלים :
הוצאת הקיבוץ המאוחד, 2009)
ישראל בעל שם טוב ובני דורו : מקובלים, שבתאים, חסידים ומתנגדים (ירושלים : כרמל, תשע״ד 2014)
<2 כרכים>
סבתא לא ידעה קרוא וכתוב : על הלימוד ועל הבורות, על השעבוד ועל החירות (ירושלים : כרמל, תשע״ח 2018)
עריכה:
תורת הנפש : לקט מקורות (ירושלים : האוניברסיטה העברית, הפקולטה למדעי הרוח, החוג למחשבת ישראל, תשמ"א)
<חומר מצולם ממקורות שונים>
טקסטים בתורת חב"ד (ירושלים : האוניברסיטה העברית, הפקולטה למדעי הרוח, החוג למחשבת ישראל, תשמ"א)
<חומר מצולם ממקורות שונים>
קבלת האר"י : דברי הכנס הבינלאומי הרביעי לחקר תולדות המיסטיקה היהודית לזכר גרשם שלום (ירושלים : החוג למחשבת ישראל, האוניברסיטה העברית, תשנ"ב 1992)
<בשיתוף יהודה ליבס>
צדיקים ואנשי מעשה : מחקרים בחסידות פולין (ירושלים : המרכז לחקר תולדות יהודי פולין ותרבותם : מוסד ביאליק, תשנ"ד 1994)
<בשיתוף ישראל ברטל וחנא שמרוק>
ספרות ההיכלות : מיסטיקה, מאגיה ואנגלולוגיה (ירושלים : האוניברסיטה העברית בירושלים, הפקולטה למדעי הרוח, החוג למחשבת ישראל : אקדמון, תשנ"ד)
<חומר מצולם ממקורות שונים>
קולות רבים : ספר הזיכרון לרבקה ש"ץ-אופנהיימר (ירושלים : האוניברסיטה העברית, ירושלים, המכון למדעי היהדות, החוג למחשבת ישראל : בית הספרים הלאומי והאוניברסיטאי : המרכז לחקר הקבלה ע"ש גרשם שלום, תשנ"ו 1996)
<בשיתוף יוסף דן>
דברי האדון : דבריו של יעקב פראנק כפי שנכתבו בידי חסידיו בסוף המאה הי"ח (ירושלים : האוניברסיטה העברית, 1997)
<תורגם מפולנית בידי פאניה שלום מכתב יד קראקוב של Zbior slow Panskich (Bibl. Jagiellonska 68, 69/1/2/3). מהדורת ביניים, טיוטת עבודה>
החלום ושברו : התנועה השבתאית ושלוחותיה, משיחיות, שבתאות ופראנקיזם (ירושלים : החוג למחשבת ישראל, המכון למדעי היהדות, האוניברסיטה העברית בירושלים : המרכז לחקר הקבלה ע"ש גרשם שלום, בית הספרים הלאומי והאוניברסיטאי, תשס"א 2001)
הרעיון המשיחי מאז גירוש ספרד / רבקה ש"ץ אופנהיימר (ירושלים : הוצאת ספרים ע"ש י"ל מאגנס, תשס"ה 2005)
<קובץ מאמרים של המחברת שפורסמו באכסניות שונות>
גן בעדן מקדם : מסורות גן עדן בישראל ובעמים (ירושלים : הוצאת ספרים ע"ש י"ל מאגנס, האוניברסיטה העברית : סכוליון - מרכז למחקר רב תחומי בלימודי היהדות, המכון למדעי היהדות ע"ש מנדל, תש"ע 2010)
דברים חדשים עתיקים : מיתוס, מיסטיקה ופולמוס, פילוסופיה והלכה, אמונה
וריטואל במחשבה היהודית לדורותיה (ירושלים : החוג למחשבת ישראל - מכון מנדל
למדעי היהדות - האוניברסיטה העברית בירושלים, תשע״א 2011)
<מחקרי ירושלים במחשבת ישראל, כב-כג>
כחלום יעוף וכדיבוק יאחז : על חלומות ודיבוקים בישראל ובעמים (ירושלים : הוצאת ספרים ע״ש י״ל מאגנס - האוניברסיטה העברית, תשע״ג 2013)
<עריכה בשיתוף יורם בילו, יאיר זקוביץ ואביגדור שנאן>
רחל
אליאור (פלוגה) נולדה בירושלים בח' בטבת תש״י, 28 בדצמבר 1949.